Lịch sử hình thành và phát triển vùng đất Biên Hòa - Đồng Nai là lịch sử của những cuộc di dân; trong hành trình ấy có sự đóng góp không nhỏ của người Hoa mà đứng đầu là Đô đốc tướng quân Trần Thượng Xuyên. Từ khi có dấu chân của người Hoa trên đất Việt nói chung và Đồng Nai nói riêng thì nền văn hóa tín ngưỡng dân gian Việt Nam, đặc biệt ở phía Nam thêm phong phú và đa dạng với những thiết chế văn hóa mang đậm tính Hoa - Việt giao thoa, hòa quyện lẫn nhau.

Nằm trong hệ thống các cơ sở tín ngưỡng của người Hoa ở Đồng Nai, Miếu Tổ sư có niên đại khá sớm, đánh dấu sự xuất hiện của cư dân người Hoa bang Hẹ trên đất Đồng Nai. Sự hòa quyện và phát triển nền văn hóa Việt - Hoa đã để lại những di sản văn hóa vật thể và phi vật thể vô cùng quý giá mà ngày nay vẫn được lưu giữ và bảo tồn. Cùng với chùa Ông ở Cù lao phố, Miếu Tổ sư đã góp phần tạo nên nét văn hóa và tín ngưỡng đặc trưng của người Hoa. Miếu là nơi tụ họp của cư dân nghề đá Bửu Long, nơi bảo lưu, gìn giữ một làng nghề đã nuôi sống 50% cư dân làm nghề đá ở địa phương từ bao đời nay. Lễ hội làm Chay ở Miếu Tổ sư là lễ hội lớn nhất của người Hoa ở Đồng Nai. Đây cũng là dịp cộng đồng người Hoa, người Việt gặp mặt, giao lưu văn hóa với nhau, trao đổi kinh nghiệm làm ăn, chuyện gia đình, con cái học hành đỗ đạt và xây dựng gia đình văn hóa, khu phố văn hóa. Qua mỗi lần tổ chức Lễ hội làm Chay xong, Ban Trị sự miếu lại bàn tính việc sửa sang ngôi miếu cho khang trang, to đẹp hơn giúp công tác xã hội hóa tại di tích ngày càng nâng cao. Đặc biệt, miếu luôn mở lòng hướng thiện tìm về những mảnh đời cơ cực, những địa phương bị thiên tai, lũ lụt từ khắp mọi miền Tổ quốc. Theo đại diện Ban Trị sự miếu cho biết, chỉ tính trong năm 2007, miếu đã ủng hộ đồng bào miền Trung lũ lụt là 2 tấn gạo, hàng triệu đồng cũng được Ban Trị sự miếu gửi đến những thanh niên lên đường nhập ngũ; trẻ em nghèo, những người có hoàn cảnh khó khăn tại địa phương thông qua Hội Chữ thập đỏ của địa phương và tỉnh Đồng Nai. Đây là mối liên kết, tình tương thân tương ái, tình làng nghĩa xóm truyền thống được hun đúc, gìn giữ từ bao đời nay của cả người Hoa và người Việt.

Bên cạnh giá trị về văn hóa, Miếu Tổ sư còn có giá trị về lịch sử. Miếu được xây dựng từ khi hình thành vùng đất Biên Hòa, Đồng Nai. Là cơ sở tín ngưỡng được chứng kiến dòng chảy gian lao của lịch sử hơn 300 năm hình thành và phát triển vùng đất. Miếu từng là cơ sở cách mạng, là nơi chế tạo vũ khí thô sơ chuyển cho chiến trường Chiến khu Đ, chứng kiến nhiều cuộc tàn sát đẫm máu của thực dân Pháp và đế quốc Mỹ trong suốt hai cuộc kháng chiến trường kỳ của dân tộc.

Trong công cuộc xây dựng và bảo vệ đất nước, tinh thần đoàn kết, tính cộng đồng đã thôi thúc cộng đồng các dân tộc Việt Nam yêu nước đoàn kết đứng lên bảo vệ và xây dựng đất nước trong đó cộng đồng người Hoa nói chung và người Hoa bang Hẹ trên đất Biên Hòa nói riêng cũng không phải là ngoại lệ.

Theo tài liệu Đảng bộ Biên Hòa lãnh đạo cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược 1945 - 1954 và lời kể của một số cán bộ cách mạng địa phương thì trong hai cuộc kháng chiến chống Pháp, Mỹ; Miếu Tổ sư là đầu mối liên lạc thông tin và là nơi dự trữ vũ khí cho Chiến khu Đ. Là cơ sở tín ngưỡng của người Hoa bang Hẹ - nơi có nhiều người tới cúng bái, tụ họp, nhân dân làm đá đến nộp thuế, thực dân Pháp không để ý tới nên trong khoảng thời gian từ 1945 đến 1948, Ban tiếp tế vũ khí miền Đông đã sử dụng miếu làm cơ sở chế tạo một số vũ khí như: bom, mìn tự chế, thuốc nổ… cất giấu và cung cấp cho Chiến khu Đ.

Từ năm 1948 cho đến cuối những năm kháng chiến chống Pháp, Miếu Tổ sư là Trụ sở của Tổ tình báo thị xã Biên Hòa (đồng chí Nguyễn Tấn Khanh làm đặc phái viên của Tổ). Miếu đã trở thành địa điểm bí mật để Tổ tiếp xúc với các cơ sở cách mạng dưới hình thức giả dạng người đi cúng miếu để liên lạc với các tổ chức bí mật ở nội thành thị xã Biên Hòa, chuyển những thông tin từ Chiến khu Đ về thị xã và ngược lại. Miếu Tổ sư còn là nơi chứng kiến thực dân Pháp tàn sát dã man người dân vô tội tại địa phương. Những người làm nông và buôn bán nhỏ tại địa phương như ông Khoan, ông Ba Tiên đều bị chúng bắn chết ngay tại miếu.

Trong thời kỳ kháng chiến chống Mỹ, một số cán bộ, bộ đội du kích thị xã Biên Hòa và xã Tân Thành đã cải trang thành những người thợ đá để bí mật hoạt động cách mạng. Đặc biệt, tại miếu vào năm 1968, đồng chí Nguyễn Thị Cẩm Y - một nữ biệt động tại thị xã Biên Hòa đã bắn trọng thương tên xã đội trưởng ác ôn tên Những gây tiếng vang lớn.